Конференция «Наука. Философия. Религия» это дискуссионная площадка, которая собирает представителей науки, философии и богословия для обсуждения и экспертной оценки актуальных проблем современности. Особенностью данной конференции является то, что обсуждение вопросов происходит в форме диалога между представителями точных и естественных наук с представителями философии, богословия и других гуманитарных дисциплин. Такой подход позволяет более широко и всесторонне взглянуть на рассматриваемую проблему.

Применительно к данной конференции под «наукой» подразумеваются преимущественно естественные науки и математика, под «философией» – вся совокупность философского знания с акцентом на разработку методологических проблем науки и культуры, под «религией» – христианское богословие. 
Предыстория конференции восходит к началу 60-х годов XX века. Тогда под председательством первого директора Объединенного института ядерных исследований академика Д.И. Блохинцева в Дубне начали регулярно проводиться встречи философов и физиков для обсуждения основных онтологических и гносеологических вопросов.
Когда стало возможным участие представителей религии в таких встречах, их традицию продолжила конференция «Наука. Философия. Религия», инициатива проведения которой принадлежит профессорам ОИЯИ В.Н. Первушину и В.А. Никитину. Первая конференция с таким названием прошла в 1990 году. В 90-х годах состоялось десять конференций, каждая из которых была посвящена определенной теме: «Понятие истины в науке и религии» (1990); «Смысл человеческой жизни» (1991); «Познание духовного мира» (1992); «Пределы знания в науке и религии» (1993); «Наука в христианском мире» (1994); «Наука и христианство в современном мировоззрении» (1995); «Происхождение и смысл жизни» (1996); «Наука, технология, человек» (1997); «Эсхатология» (1998); «Наука и теология на рубеже третьего тысячелетия» (1999).
Предметом обсуждения на указанных конференциях были преимущественно фундаментальные вопросы. В дискуссиях принимали участие ведущие ученые, философы и богословы того времени. Неизменным участником и одним из основных идейных вдохновителей конференций был профессор Московской духовной академии А.И. Осипов.
Конференция характеризовалась благожелательной дискуссионной атмосферой и направленностью на установление конструктивного диалога. Прошедшие десять конференций внесли значительный вклад в преодоление существовавшего в советские годы противостояния представителей науки и философии с представителями религии. По ряду причин конференция приостановила свою работу.
На новом историческом этапе в связи с возросшим значением религии в жизни российского общества возникла необходимость использовать установившийся диалог науки, философии и религии для всестороннего обсуждения 
насущных проблем современности. Поэтому в 2007 году по инициативе Фонда апостола Андрея Первозванного работа конференции «Наука. Философия. Религия» была возобновлена и с тех пор Фонд стал основным ее организатором. С идеей возобновления конференции выступил настоятель храма Похвалы Пресвятой Богородицы г. Дубна, протоиерей Виктор Паршинцев, кандидат биологических наук, до рукоположения в сан, работавший в лаборатории ядерных проблем ОИЯИ.
Было решено сохранить нумерацию конференций, начатую в 90-е годы, поэтому состоявшаяся в 2007 году конференция стала XI-й по счету. Эта конференция имела общее название «Культура и свобода» и была призвана возобновить начатый в 90-е годы диалог. Поскольку конференция была первой после многолетнего перерыва, предложенная для обсуждения тема была обозначена достаточно широко, чтобы основные докладчики могли в своих выступлениях напомнить старым участникам и ознакомить новых с традиционной проблематикой конференций «Наука. Философия. Религия»

Тема конференции 2013 года: «Человек перед вызовом новейших информационных и коммуникативных технологий».